自然资源部咨询研究中心设3个内设管理机构和4个业务机构。

   （一）办公室

    负责中心政务、事务、财务管理及组织人事工作。

   （二）党群办公室（纪检室）

    负责中心党务工作、纪检工作，负责工青妇团群众组织和离退休干部日常管理工作。

   （三）科技外事处

    负责中心科研业务发展规划编制实施、业务综合管理、项目管理和外事工作。

   （四）发展战略研究所

    开展自然资源领域中长期重大战略，及前瞻性、全局性、基础性、针对性重大改革问题和热点、难点问题研究。

   （五）公共政策研究所

    开展自然资源公共政策研究。

   （六）市场与产权研究所

    开展自然资源资产管理政策研究。

   （七）国土生态研究所

    开展空间治理体系研究。