根据资源研究中心的职责和任务，中心内设3个综合处室，4个研究所：

（一）办公室

负责中心政务、事务、财务管理及组织人事工作，负责资产管理、综合治理、后勤服务等工作。

（二）党群办公室（纪检监察室）

负责中心党务、纪检监察工作，负责工青妇团群众组织日常工作。

（三）科技外事处

负责中心科研、外事工作。组织编制科研外事等业务计划并组织实施；负责科研项目的立项、质量监管、成果验收及立卷归档工作。

（四）综合研究所

开展国土资源管理的重大战略和改革问题、法律法规修订、全局性工作决策前瞻性及热点、难点问题研究；开展国土资源评价、规划、政策法规、改革发展等重大问题研究；对国土资源重大改革、规划计划、重大政策法规的执行情况进行调查研究，评估实施效果和社会影响。

（五）土地研究所

开展土地资源的规划、管理、保护和合理利用基础研究，对重大问题、热点问题进行调查研究；开展土地管理的公共政策和舆情研究。

（六）地质矿产研究所

开展地质工作和矿产资源的调查、规划、管理、保护和合理利用基础研究，对重大问题、热点问题进行调查研究；开展矿产资源管理的公共政策和舆情研究。

（七）国土生态研究所

开展地质环境的调查、规划、管理、保护和合理利用基础研究，对重大问题、热点问题进行调查研究；开展自然资源管理制度改革和生态国土建设相关问题研究；开展地质环境管理的公共政策和舆情研究。